Unikidz bestaat uit 2 bv's (Unikidz Amsterdam B.V. en Unikidz B.V.). De organisatie heeft in de regio Amsterdam in totaal 16 locaties voor buitenschoolse opvang en 8 kinderdagverblijven. Unikidz Neptunus is onderdeel van Unikidz Amsterdam B.V.

Aan het hoofd van Unikidz staat een algemeen directeur en een operationeel directeur. Ook zijn er verschillende ondersteunende afdelingen waaronder de afdeling financiën, planning en plaatsing en HR. De locaties, of clusters van locaties die veelal in hetzelfde pand zitten, worden aangestuurd door locatiemanagers. Op de locaties is voor de dagelijkse gang van zaken ook een teamleider aangesteld.

De manager Kwaliteit & Veiligheid is met het team van nog 3 pedagogisch beleidsmedewerkers/coaches verantwoordelijk voor het opstellen, aanpassen en evalueren van het beleid. Voor het locatie specifieke beleid zijn ook de locatiemanagers verantwoordelijk.

De organisatie heeft een klachtencoördinator aangesteld en is aangesloten bij de Geschillencommissie Kinderopvang.