Unikidz bestaat uit 2 bv's (Unikidz Amsterdam B.V. en Unikidz B.V.). De organisatie heeft in de regio Amsterdam in totaal 20 locaties voor buitenschoolse opvang en 9 kinderdagverblijven. Unikidz Vliegenbos is onderdeel van Unikidz Amsterdam B.V.

Aan het hoofd van Unikidz staat een algemeen directeur en een operationeel directeur. Ook zijn er verschillende ondersteunende afdelingen waaronder de afdeling financiën, planning en plaatsing en HR. De locaties, of clusters van locaties die veelal in hetzelfde pand zitten, worden aangestuurd door locatiemanagers. Op de locaties is voor de dagelijkse gang van zaken ook een teamleider aangesteld.

De manager kwaliteit & veiligheid is verantwoordelijk voor het opstellen, aanpassen en evalueren van het beleid. Zij heeft ook de functie van pedagogisch beleidsmedewerker. 4 beroepskrachten hebben de functie van pedagogisch coach. Zij worden gecoacht door de pedagogisch beleidsmedewerker of coachen elkaar.

De buitenschoolse opvang Unikidz Vliegenbos is gevestigd in basisschool De Kinderboom in Amsterdam Noord. In totaal kunnen in 1 basisgroep maximaal 22 kinderen van 4 tot 13 jaar worden opgevangen. De locatie is sinds 25 augustus 2025 geregistreerd, maar doordat er niet genoeg aanmeldingen zijn, worden er sinds de registratie geen kinderen opgevangen. In opdracht van de basisschool worden met gemeentelijke subsidie, wel naschoolse activiteiten georganiseerd door medewerkers van Unikidz.